私は電子証明書の登録を昨年Windowsで済ませていたのですがMacから再登録をしてみました。 結論からいうとFirefoxならできました。
注意:本記事では2017年1月30日時点でe-TaxおよびICカードリーダ製造元がサポート対象としていないmacOS Sierra(10.12.2)、ブラウザFirefoxを自己責任で使用しています。サポート対象外のバージョン等を試される方は自己責任でお願いします。
追記:2017/2/2
Safari10.0.3でできたという人がいたので私も確認してみました。できました!
Safariの環境設定→「セキュリティ」ダイアログで「Javaプラグイン」の実行許可設定を設定します。ここで「keizan.nta.go.jp」を「オン」にするだけでなく、「安全なモードで実行」のチェックを外せばできるようになりました。
この「安全なモード実行」をポップアップルメニューに表示させるには、optionキーを押しながらクリックする必要があります。Appleサポートのサイトにも書かれていました。

事前準備
ICカードリーダとJPKI利用者ソフトなどの準備
まず、ICカードリーダとJPKI利用者アプリの準備が必要です。 こちらの記事を参照して準備します。
Firefoxの準備
ブラウザのFirefoxをインストールします。 今回、私が使用したのはFirefox 51.0.1 というバージョンです。 ここからダウンロードできます。
Javaのセキュリティの設定
ブラウザFirefoxを立ち上げる前に「システム環境設定...」→「Java」→「セキュリティ」タブを開きます。 ここで「例外サイト・リスト」に「https://www.keisan.nta.go.jp/」を追加します。
これを追加しておかないと途中でこんな画面でエラーになってしまいます。
電子証明書の登録・再登録
ここから本編です。
ブラウザFirefoxを立ち上げ、 国税庁サイトの「確定申告書等作成コーナー」から「電子証明書の登録・再登録のみを行う方」に進みます。
利用環境を確認されます。
まだ、macOS Sierra(10.12.x)も、ブラウザのSafari 10.xも、Firefoxもサポートされていません(2017/01/30時点)ので、自己責任で「すべて確認済みです」をチェックして次へ進みます。
基本情報入力の画面
「e-Taxの開始(変更等)届出書作成・提出コーナー」で取得した「利用者識別番号」、「住所」などの基本情報を入力し、次へ進みます。

Javaのセキュリティー警告がでますが、チェックボックスにチェックして続行します。

利用者情報の内容確認をして、次へ進みます。

ICカードの準備を求められます。ICカードリーダとICカードをMacから認識できる状態にします。私はマイナンバーカードなので「公的個人認証サービス(番号カード)」を選択して、次へ進みます。

パスワードは、マイナンバーカード発行時に登録したパスワードだと確認メッセージがでますのでOKします。どれがどのパスワードだったか、相変わらずややこしい。
パスワードを入力してOKします。

電子証明書の内容を確認されます。確認して次へ進みます。
利用者識別番号を選択、利用者識別番号の暗証番号を入力し、次へ進みます。
e-taxのWebサイトの証明書が信頼できない、と警告が出ます。悩ましいですが、自己責任で続行します。
電子証明書を送信した旨のメッセージが表示されます。受信通知確認をクリックして、進みます。
受信通知が表示されます。
以上で
電子証明書の登録(再登録)が完了です。 フリーランスの方とかMac使っている人多いと思うんですよね。 確定申告の時期もOSのリリース時期もだいぶ前にわかるんですから、Macも最新OSとブラウザに対応してもらいたいですよね。